Unmittelbar nach dem schweren Ausbruch des Vulkans Nyiragongo im Kongo Mitte Januar 2002 organisierten die Malteser gemeinsam mit anderen dort ansässigen Hilfsorganisationen einen Hilfskonvoi für die flüchtenden Menschen. Der massive rund 60 Meter breite Lavastrom hatte die Stadt Goma an der Grenze zu Ruanda in zwei Hälften geteilt. In Panik und Angst waren hunderttausende Menschen vor dem Lavastrom in Richtung Ruanda geflohen: Mit Bussen, Lastwagen oder zu Fuß. Die Malteser stellten sofortige Hilfsmaßnahmen zur Versorgung der Flüchtlinge in der vom Lavastrom fast völlig zerstörten Stadt Goma bereit. Sie versorgten die Opfer mit Wolldecken, Plastikplanen, Ess- und Kochgeschirr, Kinderkleidung, Wasserkanistern, Eimern, Chlortabletten, Holzkohle und Medikamenten. Hilfsgüter im Wert von einer halben Million Euro wurden unmittelbar in Uganda beschafft und auf Lkws nach Goma gebracht. Auch in Bukavu, ca. 300 km von Goma entfernt im Süden des Kivu-Sees, versorgte des dortige Malteser Team Tausende von Flüchtlingen mit Medikamenten und Grundnahrungsmitteln wie Reis, Bohnen und Zucker.
Bereits seit Anfang der 90er Jahre engagieren sich die Malteser in der Region im Bereich der Wiederherstellung und Sicherung der Basisgesundheitsversorgung. Zur medizinischen Versorgung der Bürgerkriegsflüchtlinge aus Ruanda waren die Malteser bis November 2000 in Goma tätig. In Bukavu leisten die Malteser seit 1996 medizinische Nothilfe zur Unterstützung von 50 Gesundheitseinrichtungen durch Beschaffung und Verteilung von medizinischer Ausrüstung sowie Beratung und Fortbildung des lokalen Gesundheitspersonals.
