CARE verbessert mit Unterstützung in der Nahrungsmittelproduktion, dem Aufbau der Infrastruktur und der medizinischen Grundversorgung die Situation der Flüchtlinge und Heimkehrer im Süd-Sudan. Mit der Gründung von Friendensclubs und der Ausbildung von Streitschlichtern fördert CARE den Dialog zwischen verschiedenen Konfliktparteien. In Darfur unterstützt CARE die Menschen in einem Flüchtingscamp und kümmert sich dort um die medizinische Versorgung der vielen Binnenflüchtlinge und der Bewohner der umliegenden Dörfer.

HELP kümmert sich um den Aufbau der Trinkwasserversorgung in Flüchtlingslagern im Tschad und betreibt Gesundheitsprogramme. Seit März 2006 führt HELP die gesamte Sanitär- und Gesundheitsvorsorge für Am Nabak. Dort unterstützt die Organisation Latrinenbau, Hygienekurse, ganzheitlich gesundheitliche Aufklärung und Malariabekämpfung. Zudem wird der OP-Bereich des einzigen Krankenhauses mit OP-Saal in Abéché maßgeblich durch HELP vorangetrieben.

Die Johanniter haben in den vergangenen Jahren in verschiedenen Städten in Darfur die Krankenhäuser saniert und mit Medikamenten und medizinischen Geräten ausgestattet. Sie arbeiten an der Verbesserung der basismedizinischen Gesundheitsversorgung des Süd-Darfur mit dem Ziel den Menschen die Möglichkeit zu geben Krankenhäuser aufzusuchen und medizinisch versorgt zu werden.

Die Malteser betreiben im Süd-Sudan Gesundheitsprojekte. Dazu zählen Maßnahmen wie Schulungen für Gesundheitspersonal, Gesundheitsaufklärung, Impfkampagnen, Routineimpfungen für Schwangere und Kinder sowie Vor- und Nachsorgeuntersuchungen für Schwangere. Zudem führen die Malteser in drei Standorten im Süd-Sudan ein Lepra- und Tuberkulose- sowie ein HIV- Kontrollprogramm durch und helfen die dort verbreitete Schlafkrankheit einzudämmen. In Rumbek (Süd-Sudan) unterstützen die Malteser eine Laborschule und eine Klinik.

World Vision ist in Darfur und im Norden und Süden des Sudans tätig und unterstützt die Menschen zusammen mit lokalen Organisationen vor Ort. World Vision versorgt die Menschen mit Nahrungsmitteln, Trinkwasser und leistet Hygieneschulungen. Im Fokus ihrer Hilfsleistungen liegt die Versorgung von Kleinkindern und Schwangeren sowie stillenden Müttern. Zudem bekommen mehr als 34.000 Kinder und Jugendliche, die von den Konflikten in Darfur betroffen sind, schulische und psychologische Betreuung. Auf Grund der schlimmen Situation, die durch den bevorstehenden Volksentscheid verschärft werden könnte, bekam World Vision eine Million US-Dollar vom UN Büro für die Koordination humanitärer Hilfseinsätze (OCHA) zur Verfügung gestellt, um die Versorgung der Menschen weiterhin zu gewährleisten.